近来世界各地不断有『异生兽』作乱的报告，人类政府为了暗中解决这个问题，秘密联合成立了世界性防卫组织TLT，而其日本支部『TLT—J第三基地』下属特种部队『夜袭队』，他们的任务就是秘密消灭『异生兽』，但是巨型异生兽出现在拥有骄人战绩的『夜袭队』面前，他们陷入了苦战。这时，『光之巨人奈克赛斯奥特曼』登场了!本作中出现了同一个奥特曼的六个『适能者』（包括奈克赛斯的前身『奈克斯特』的『适能者』[真木舜一]）故事发生在距现在不远的未来，我们人类所了解的世界表面看上去并未发生太大变化，但是世界各地不断传来『太空野兽Space Beasts异生兽』攻击吞食人类致使人员伤亡报告。为了暗中解决这个问题，人类政府秘密联合成立了世界性防卫组织『Terrestrial Liberation Trust国际解放机构』，总部位于北美，简称『TLT』，其下日本支部被称为『TLT-J』。而『TLT-J第三基地』直属特种机动作战部队就是『夜袭队NR（Night Raider）』，他们的任务就是秘密消灭所有『异生兽』，而组织对于所有目击『异生兽』的幸存者则会消除他们的记忆，在黑暗中维护人类社会秩序。但随着敌人『异生兽』的不断学习进化，致使拥有骄人战绩的『夜袭队』陷入苦战。但『光之巨人Ultraman Nexus奈克赛斯奥特曼』突然登场并打破了这种僵局，作为『奈克赛斯奥特曼』的『适能者Dunamist』[姬矢准]出现在这场人类与『异生兽』的战斗之中，他利用相位的褶曲，制造出属于自己的战斗空间『美塔领域Meta Field』，在变身巨大化后，将『异生兽』拉入这个与世隔绝的异空间内进行战斗，在面对新型战场环境下，『TLT』研发出的特殊科技战机合体后也可进入本空间内进行作战。『TLT—J第三基地』『夜袭队』的新队员[孤门一辉]与[和仓]队长及其他队员一起处理着繁忙作战任务，可自从他遇到[姬矢准]后便对自己任务及周围环境产生疑问。组织内究竟隐藏着怎样的秘密?队员们的过去又是如何?『奈克赛斯奥特曼』和『异生兽』的原形到底是什么?这一切事件的根源又是……?[孤门]和[姬矢]在不知不觉地不断接触中建立深厚的友谊,并一步步开始揭开这一切现实中的谜底……在这里个人的恋情犹如花朵般脆弱，只需空荡残破的现实放在眼前，一切都会随之凋零，这里没有什么甜美的爱情故事，只有黑暗的人性现实，一切皆为空虚，唯有死神等待，黑暗才是人心中最可怕的隐藏者……
